Pirmąją medinę bažnyčią 1786 m. pastatė Kristina Kačanauskienė; įkurta parapija. XVIII a.Nemajūnuose veikė parapinė mokykla. XIX a. viduryje senoji bažnyčia buvo suirusi. 1858 m. patvirtintas naujos medinės bažnyčios projektas, kurio atsisakyta, 1862 m. patvirtintas mūrinės bažnyčios projektas.