Betygaloje 1416 m. pastatyta medinė bažnyčia. Apie 1567 m. bažnyčia buvo apleista, be kunigo. 1841 m. bažnyčia buvo gerai aprūpinta: jai priklausė 49 valakai ir 3 margai žemės, 34 baudžiauninkai. Betygaloje gyveno 3 kunigai. Klebonas Anupras Šrėderis su parapijiečiais 1851 m. pastatė naują medinę bažnyčią. A. Šrėderis 1863 m. bažnyčioje perskaitė sukilėlių manifestą. Už tai buvo ištremtas į Nerčinską (Čitos gubernija). 1915 m. sudegus bažnyčiai, ji įrengta buvusiame mūriniame skolinamosios taupomosios kasos pastate. Klebono Pr. Janulaičio rūpesčiu 1925–1930 m. pagal architekto Vladimiro Dubeneckio projektą pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia. Ją 1932 m. konsekravo arkivyskupas Juozapas Skvireckas.

Bažnyčia neobarokinė, turi neoklasicizmo bruožų, bazilikinė, su aukštu cokoliu. Vidus 3 navų, atskirtų pilioriais. Greta bažnyčios – aukšta varpinė. Ji su bažnyčia sujungta vienos arkos atvira galerija su baliustrada. Šventoriuje palaidotas Betygalos klebonas Juozas Varvuolis (1938–1989; Betygaloje nuo 1978 m.).